Микроскопическое исследование мазка из уретры мужчины позволяет оценить состояние микрофлоры уретры. С его помощью дают полуколичественную оценку общей микробной обсемененности, состоянию эпителия, выявляют воспаление, определяют состав микрофлоры, а также наличие кандидоза (молочницы), трихомониаза и гонореи. Чувствительность данного метода для выявления гонореи у мужчин достигает 98 %. Исследование назначается для диагностики уретрита, чтобы определить состав микрофлоры органов мочеполовой системы, чтобы выявить некоторые специфические инфекции, передающиеся половым путем (кандидоз, трихомониаз, гонорею).

Микроскопическое исследование секрета предстательной железы – это один из основных лабораторных методов, используемых для диагностики простатита. Отделяемое простаты может быть получено после массажа предстательной железы, сделанного как самостоятельная процедура или в качестве третьего компонента четырехстаканной пробы по Meares-Stamey. На основании полученных данных о количестве лейкоцитов, эритроцитов, эпителиальных клеток, а также наличии или отсутствии микроорганизмов простатит может быть отнесен к одной из 4 основных клинических форм этого заболевания: острый и хронический бактериальный простатит, синдром хронической тазовой боли и бессимптомный хронический простатит.

Микроскопическое исследование мазка у женщин (мазок на флору) позволяет полуколичественно оценить общую микробную обсемененность, состояние эпителия влагалища, наличие и выраженность воспаления (по лейкоцитарной реакции), состав микрофлоры, а также выявить молочницу, трихомониаз и гонорею. Этот метод является ""золотым стандартом"" для диагностики бактериального вагиноза . Нормальный мазок на флору определяется следующими показателями:должен присутствовать плоский эпителий, его отсутствие может быть связано с атрофией эпителиальных клеток, с недостатком эстрогенов или избытком мужских половых гормонов,количество лейкоцитов не должно превышать 15 в поле зрения, его увеличение указывает на воспалительный процесс, слизь, палочки (бациллы) в мазке составляют нормальную микрофлору влагалища, кокки и диплококки – выявление грамотрицательных диплококков в мазке свидетельствует о гонорее, ""ключевые"", или атипичные, клетки характерны для дисбактериоза влагалища, споры или мицелий грибов свидетельствует о кандидозе (молочнице), наличие подвижных бактерий в нативном мазке (трихомонад) характерно для трихомониаза, эритроциты выявляются при кровотечениях из матки, эрозиях или новообразованиях. Исследование назначается для оценки состава микрофлоры мочеполовой системы, для диагностики бактериального вагиноза, для выявления некоторых специфических инфекций, передающихся половым путем (кандидоза, трихомониаза, гонореи).